不憂鬱的老鼠

在「科學影像」網站上的這個YOUTUBE連結不知道有多少人注意到?儘管已經是2008的年的研究了,不過現在看來還是很有趣。

2008年的Neuron期刊刊載一篇對於老鼠憂鬱症的研究,是由哥倫比亞大學的Dr. Eric Kandel所主導,他同時也是2000年諾貝爾獎生理醫學獎得主,因為釐清海馬迴是大腦的記憶中樞的相關研究而獲獎。現在海馬迴也被證實與情緒有關。

對人類來說,後天學習而來的恐懼感 (learned fear)是讓人類生存的主因之一,避免讓自己身陷險境,然而這種恐懼感也可能導致焦慮及沮喪的病態症狀,讓人一蹶不振,既然恐懼感可以因後天學習而得,有時又會產生意想不到的後遺症,那麼後天學習而來的安全感 (learned safety)又是如何呢?

這篇文章的主要是針對後天學習而來的安全感進行背後的機制研究。作者利用輕微的電擊讓老鼠產生不安,而停止電擊的同時也會放出一種固定的聲響,讓老鼠對聲響與安全產生連結,其後在強迫游泳的泳池 (forced-swim test)中,當老鼠沮喪不願繼續再游動時,放出這個固定的聲響,竟讓老鼠再次萌生鬥志,繼續奮游。作者進一步發現,這種正面的行為刺激,雖然與抗憂鬱藥得到同樣的效果 (老鼠奮力游泳),但兩種刺激所引發的機制卻是截然不同,抗憂鬱藥是增加海馬迴中神經細胞增生作用,後天學習的安全感卻是增加海馬迴中dentate gyrus部位的新生神經細胞,這些神經細胞有助於引發正面的情緒。

長遠來看,這個機制的揭開將有助於發展另外一種截然不同的抗憂鬱藥途徑,而我所聯想到的卻是,當人沮喪失意時,或許可以回頭去聽聽年少時的懷舊歌曲,或是那些能讓你回想起歡樂時光的音樂,古典音樂也好,靡靡之音也罷,能讓自己振作起來才是最重要的。

參考文章:
1. 不憂鬱的老鼠- 科學影像網站
2. An Animal Model of a Behavioral Intervention for Depression. Neuron. 2008;60:149–161.
3. 圖片來源: Coolmristuff

偽造的科學?科學的偽造?

日前聽了一場主題不太一樣的演講,講者是the Journal of Cell Biology (JCB)的編輯 Mike Rossner。講題是有關於科學論文中的偽造事件。

成也Photoshop,敗也Photoshop

Photoshop的好用讓很多人對於合成及修改照片不再望之卻步,然而修改自己拍的照片是一回事,把修改過後的照片發表在國際期刊上,卻又是另一回事了。JCB的編輯群把在JCB上發表過的文章重新進行一次檢視中,發現約有25%的照片證據不完全符合該期刊的規定,然而所有發表論文中,約有1%的文章有明顯修改的嫌疑,有些甚至可能達到偽造的情況。除了向原作者要求原始圖檔數據之外,編輯們也利用Photoshop的對比調整功能,讓一些經過修改的照片露出馬腳。


如下圖這張螢光細胞圖,經過Photoshop的分析過後,發現圖中有兩處的細胞是從別的照片剪下貼上的。編輯們詢問了該作者以後,得到的回覆卻是:「我們認為這樣的表現手法可以讓讀者更清楚的瞭解我們的證據。」








其他像是對於 Western Blotting裡面的bands增減,其實都達到了所謂偽造的程度。

上圖是最典型的修改,包括無中生有的band及消失的band。

雖然調整對比、明暗跟色彩校正是可以接受的,前提是沒有更動或刻意隱藏了圖片中的其他細節,但上圖做的確實有點過頭了。還有把作為控制組的beta-actin bands重複使用在不同的實驗組,或者把一個band加深對比後,裁減再貼到另一張圖等等。

整場演講中最令人印象深刻的是一張Western Blotting,裡面有個band經過Photoshop分析後,發現是從別的地方剪下貼上的,跟原作者要了原始數據後發現,在原始照片上沒有band的那個位置,寫上了一句話:"Add it later"

當然也有很多作者被告知圖片被修改過後,回覆編輯說:「我很遺憾也很高興你們發現了這個錯誤,這篇文章根本不該被發表在JCB甚至是任何一本期刊雜誌上。」

結論
也許整張圖片有些額外的細節是自己不想要的,但對於其他研究者來說,那些細節卻可能是他們的突破。修改圖片究竟到怎樣的程度才算是合理使用,儘管是自由心證,但秉持著科學誠信的原則,大家心中的那把尺應該不會相差太多。

科學與科普之間-以兩則免疫學研究為例

三月份的Nature Immunology期刊有一篇文章最近被媒體報導:維他命D對於免疫系統活化很重要。主要是丹麥哥本哈根大學的Carsten Geisler等人發現未活化的T細胞 (Naive T細胞)內Phospolipase C (PLC-γ1)的酵素蛋白表現比活化後的T細胞要低,而且細胞表面也沒有維他命D的受體。PLC-γ1酵素可以把細胞膜上的磷脂質切成兩部分(DAG, IP3),這兩部分分別又去影響其他的信號因子,最後活化細胞的基因表現,細胞因此而產生細胞激素或開始分裂增殖 (如下圖,綠色者為PLC)。
所以PLC-γ1顯然跟細胞的活化程度有關連,他們發現如果T細胞表現更多維生素D的受體並且結合更多維生素D,細胞內PLC-γ1的表現量就越多,T細胞被活化的程度就越強,免疫反應也會增強。T細胞表現更多的維生素D受體的方法是讓T細胞的TCR (T cell receptor)跟呈獻抗原的MHC辨識結合,這種辨識結合通常是有病原菌入侵或是環境中有過敏原才會發生,這部份我們沒辦法控制,剩下的我們可以控制的就是增加維生素D的攝取,好讓當免疫細胞增加維生素D受體的表現時,能有相對應增加的維生素D來刺激免疫反應。

正因為攝取維生素D是一件跟我們日常生活相關的事,不管是吃維生素D或是曬太陽,所以媒體才有梗來報導這則科學新知。同樣是這一期的期刊,比較受到免疫學家們注意的文章卻不包括這一篇,Nature系列的期刊會有個「新知與觀點」的專欄,通常是由另一個同樣領域的學者撰寫專文來導讀相關的研究內容,通常也代表這類的發現比較具有影響力或者有某些值得討論的有趣現象。像是一篇對於NKT細胞的研究:NKT也可以幫助活化細胞毒殺型T細胞 (CD8 T; CTL)
NKT細胞是一群innate先天性免疫的細胞,他們的身份比較模糊,因為具有T細胞的特性,而T細胞跟B細胞是adaptive適應性免疫細胞,NKT也具有自然殺手細胞NK細胞的特徵,而NK細胞是屬於先天性免疫細胞。NKT細胞可以辨認跟MHC相似的CD1d受體所呈獻的抗原,這類抗原主要是細菌細胞膜上的醣脂類,一旦NKT被活化以後,會釋放出不同的細胞激素,包括Th1的IFN-γ跟Th2的IL-4 (Th1, Th2是免疫學家透過分類不同作用的細胞激素來進一步細分CD4 T細胞的族群)。

以往的認知是如上圖a,CD4 T細胞被活化後,影響並活化樹突細胞DC,樹突細胞再去活化CD8 T細胞並釋放IL-12的細胞激素 (CD4, CD8是免疫學家透過細胞膜不同的抗原表現來區分T細胞的種類,CD4 T細胞可以再區分Th1跟Th2)。德國科學家Christian Kurts的研究團隊發現其實NKT也可以協助CD8 T細胞的活化,如上圖b。

這項發現若再經過其他研究團隊進一步的驗證,未來應該會被編入免疫學中,成為研讀NKT細胞時的教材之一。但因為這項發現跟我們日常生活比較沒那麼息息相關,所以報導就不好寫了,一般大眾可能也不會對NKT是不是可以活化樹突細胞跟CD8 T細胞感到興趣吧!這應該也是科學跟科普之間難以跨越的差距?

免疫學上的Signal 0, 1, 2, 3
Signal 0:也叫Danger signal,代表受攻擊而損傷的組織細胞所釋放的警示因子或病原菌中能引起免疫反應的物質。
Signal 1:代表MHC及所呈獻的抗原與TCR結合所引發的免疫活化訊息。
Signal 2:B7與CD28等輔助活化的表面受體結合所引發的訊息,用來進一步增強Signal 1。
Signal 3:抗原呈獻細胞被活化後所釋放的細胞激素,用以活化T細胞。

逆境求生的腫瘤細胞










3月25號的Science Online express (主要是在線上刊載尚
未被印刷出來的重要文章)刊登了一篇文章有關腫瘤細胞如何逃避免疫系統的追殺。研究免疫逃避的機制近十幾年來一直是腫瘤免疫學的熱門領域,瑞士科學家Melody Swartz (左圖)以及她的博士後研究員Jacqueline Shields (右圖)在2007的Cancer Cell期刊發表腫瘤細胞如何在淋巴腺中轉移,她們建構了一個腫瘤細胞與淋巴液的組織培養環境,發現腫瘤細胞會表現CCR7的受體,這個受體會跟CCL21的細胞趨化激素結合,因為淋巴液中有著濃度不等的CCL21可以驅使著腫瘤細胞移動,就像用紅蘿蔔來引誘馬兒前進一樣( 如下圖)。有趣的是,CCR7受體通常是活化的T淋巴細胞或B淋巴細胞才會表現,而Swart等人使用的人類乳癌細胞居然也有CCR7,於是她們想進一步證實或許腫瘤細胞就是利用趨化激素來逃避免疫系統攻擊。

CCL21主要是由在淋巴結裡的基質細胞所釋放,然後吸引T細胞跟B細胞到淋巴結中,並結合樹突細胞所呈獻的抗原,進一步活化免疫系統。在本篇研究中,Swartz等人發現腫瘤細胞也會釋放CCL21來改變本身的周遭的環境,儘管腫瘤細胞也有CCR7,但似乎CCL21才是讓腫瘤得以逃避免疫系統的主因。

免疫學上腫瘤細胞逃避免疫系統的機制有五類:

一、降低MHC-I的表現,讓免疫細胞不容易被活化。
二、產生身體原本的細胞表現抗原,讓免疫細胞誤以為是自身正常細胞。
三、腫瘤細胞可能表現了特殊的表面抗原,但腫瘤試圖減少這種異常抗原的表現,也減少被認出的機會。
四、腫瘤細胞釋放一些抑制免疫反應的細胞激素,如TGF-beta,並活化調節型T細胞 (主要功能為抑制其他T細胞)。
五、釋放一些膠原蛋白並藏匿在這些膠原蛋白中,使得免疫細胞無法偵測到。

參考文章:

-腫瘤藉由模仿淋巴結躲避免疫系統
http://only-perception.blogspot.com/2010/03/blog-post_29.html
-Autologous chemotaxis as a mechanism of tumor cell homing to lymphatics via interstitial flow and autocrine CCR7 signaling. Cancer Cell. 2007 Jun;11(6):526-38.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17560334
-Induction of Lymphoidlike Stroma and Immune Escape by Tumors That Express the Chemokine CCL21
http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/science.1185837

(圖片所有權皆來自原作者)

好吃的疫苗


這張圖片是當初在宣傳口服小兒麻痺疫苗的宣傳海報, 其中的"tastes good"現今看起來確實有點莞爾. 口服小兒麻痺疫苗的成功, 讓小兒麻痺病毒幾乎絕跡, 從1987年的40萬病例, 到2008年不到2000個病例, 清楚的說明了小兒麻痺病毒雖不像天花一樣被宣布"滅絕", 但至少現代人也不再懼怕小兒麻痺. 除了小兒麻痺疫苗的高保護力, 另一個讓這疫苗成功的原因就是因為口服是最容易的途徑, 不需要打針, 不需要太多專業醫療人員的協助, 大家都可以輕鬆的接種小兒麻痺疫苗. 況且口服小兒麻痺疫苗的保護力還更在用肌肉注射小兒麻痺疫苗之上. (註)

口服疫苗的途徑顯然是條值得發展的方向, 然而最新問世的疫苗--子宮頸癌疫苗, 仍舊是採取用肌肉注射的方式, 究竟是為什麼呢? 無庸置疑, 肌肉注射可以引發身體產生全身性的保護力, 不管是腸道免疫力對抗小兒麻痺病毒, 還是呼吸道免疫力對抗流感病毒, 以及生殖道免疫力對抗人類乳突病毒 (某幾類的人類乳突病毒就是造成子宮頸癌的元兇), 都有很成功的效果. 但是如果可以不要打針是不是會更好, 更方便? 捨棄了針筒也意味著降低了施打疫苗的成本, 讓比較貧窮的國家也買得起. 那就改用口服吧!? 問題是...口服子宮頸癌疫苗卻不能引發生殖道免疫力, 疫苗學家知道這現象, 卻不知道是什麼導致了這現象. 那麼有沒有其它途徑可以具備以上的好處卻仍有免疫力
呢 ?

2009 年12月的免疫學期刊--Journal of Immunology刊載著一篇研究, 由黏膜免疫專家Cecil Czerkinsky和韓國科學家的合作, 利用老鼠成功證明舌下給予疫苗的方式, 誘發老鼠生殖道免疫力以對抗人類乳突病毒是可行的.


從圖左下的證據顯示, 如果老鼠之前接種過不具感染力的人類乳突病毒, 在遭遇人類乳突病毒入侵生殖道時, 確實能有效的抵禦病毒. 圖左上的老鼠則沒有接種過. 有顏色表現的地方代表有病毒的感染, 因為實驗者在人類乳突病毒上動了手腳, 將能產生螢光的DNA放入了病毒之中, 讓我們得以利用活體影像系統直接觀察病毒的分布.


另一個重要的發現是, 舌下給予的方式 不只提供了抗體的產生以及其它免疫細胞, 像是CD4, CD8 T細胞的活化, 讓身體獲得更周全的保護力.

除了這篇研究之外, Dr. Cecil Czerkinsky等人還發現, 舌下給予的途徑不單單只是保護了生殖道, 連流感病毒入侵的呼吸道, 以及造成胃潰瘍的幽門桿菌所攻擊的胃, 都有保護效果.

如此看來, 舌下疫苗的方法在未來或許會成為一種普遍施打疫苗的方式, 至於如何讓舌下疫苗嘗起來更好吃則有待科學家進一步的努力了.

參考文章: The Journal of Immunology, 2009, 183: 7851-7859
註: 經版友ichbingut指正後刪除

脊髓運動傷患的曙光-胚胎幹細胞


在2002年八月一篇發表在Cell的文章,題目是「Direct differentiation of embryonic stem cells into motor neurons」。作者Thomas M. Jessell是任教於紐約哥倫比亞大學的學者,他在神經科學領域相當有名,他著作的教科書「Principle of Neuroscience」幾乎是所有念神經科學的人所必須拜讀的聖經。 任何有醫療常識的人都知道神經系統在受傷之後是無法再生的,所以車禍、中風、甚至是遺傳性或者退化性的神經病變都將導致病人終身肢體傷殘,這篇文章為這些病患提供一線曙光,從胚胎幹細胞去培養出負責傳遞運動神經訊息的運動神經元,再將之植回受傷的動物脊髓相對應位置,證明這些由胚幹細胞所分化出來的運動神經元具有修復肌肉運動功能的能力。

前言
在胚胎發生的過程中,不同形態、彼此分工的體細胞(somatic cell)都遵循一定的分化途徑,而控制這些體細胞分化的路徑和決定因素等相關分子生物學研究便成為近年科學界的熱門話題,以中樞神經系統為例,完整的脊椎動物其神經系統包含幾百種不同形態與功能的神經細胞種類,其中包括引發神經傳導電位的神經元(neuron),支持這些神經細胞功能的膠細胞(glia cell)….等等,其中神經元又可以分成多種形式:負責傳遞感覺訊息的感覺神經元(sensory neuron);負責中樞訊息整合的中介神經元(interneuron);和負責傳替運動訊息到肌肉或線體的運動神經元(motor neuron)。在脊椎外傷或退化性神經病變的診療過程中,運動神經元的耗損往往造成病患終身行動不便的遺憾,這些傷患所消耗的醫療資源和社會成本相當可觀,也促使神經科學界對於運動神經再生的議題產生迫切的興趣與需求。過去關於神經再生的幹細胞研究範疇大致分為三大類:
(1)成體中樞神經系統(adult brain)中某些位置,如位於臨邊系統的海馬回(hippocampus)其齧齒回(dentate gyrus)可以製造出數量有限,但具有分化能力的神經先驅細胞(neuronal progenitor cell),這類細胞具有修補海馬回因老化或受損所喪失的神經細胞功能;
(2)由其他非神經系統或組織所衍生的先驅細胞(nonneuronal progenitor cell),在特定的條件下可以培養成神經細胞來進行修補神經系統的缺損,舉例來說,由小鼠的骨髓(bone marrow)得到的先驅細胞可以培養成神經元來進行神經修補;

(3)由胚幹細胞(embryonic stem cell)直接培養成神經細胞來進行神經修補,這類的研究由於胚幹細胞具有取之不盡用之不竭的生長特性,其結果特別受到科學界的重視。 研究發現,小鼠的胚幹細胞可以在特定的培養條件下被分化成表現中腦多巴胺分泌神經細胞(dopaminergic neuron)特徵的神經元 ,這些類多巴胺神經元已經被證實經神經移植可以若干程度改善小鼠在罹患巴金森式症動物模式後所出現的運動缺失。

本篇報告的內容就是在介紹如何將小鼠的胚幹細胞培養成為脊髓中的運動神經元,這些經分化後的類運動神經元不但可以表現正常運動神經元所需要的功能蛋白質(marker),經轉植手術後還可以和受傷的肌肉形成連結,分泌乙烯膽鹼(acetylcholine)來改善肢體活動的運動缺失。

神經發育學的重大發現
要將胚幹細胞分化成為脊髓中的運動神經元,科學家必須先了解在脊椎動物中樞神經發育的過程中,運動神經元受到哪些轉錄因子(transcription factor)的調控?如圖所示,胚胎中的外胚層細胞在形成神經脊(neuronal crest)後,從頭部到尾部其不同體節的位置會表現不同的轉錄因子,其中前腦(telencephalon)表現FGF8;中腦(diencephalon)向後延伸到脊髓位置其背部表現Wnt1而腹部表現 Sonic hedgehog(Shh) ;腦幹這一段因為腹部FGF4和背部BMP4的表現而和前後區塊分隔,之後,前段發育為大腦而後段因表現Retinoic Acid(RA)而發育成為脊髓 。
就脊髓的背側和腹側來看,神經發育也是有類似的分節情形,脊髓腹側的最底部之後會出現運動神經元,往上一點則是出現V2神經元,以小鼠和雞的神經胚胎發現來說明,脊髓的背側到腹側每個區塊都表現特定的轉錄因子,背側(roof plate)因為 BMP4而腹側(floor plate)因為Shh的濃度較高而產生一個對應梯度,這兩個轉錄因子不同濃度的刺激是導致脊髓背、腹側呈現不同區塊的重要因素;以之後要出現運動神經元的區塊來說,高濃度的Shh刺激homeodomain(HD)和basic helix-loop-helix(b-HLH)兩類轉錄因子的表現,其中運動神經元先趨細胞會專一性的表現Pax6與Nkx6.1兩種HD蛋白質以及Olig2這種 b-HLH蛋白質;這三種轉錄因子決定了該區域神經細胞之後發育成為運動神經元的命運。首先,先驅細胞會脫離細胞週期(cell cycle)而分化成為成熟的運動神經元 ;其次,這三種轉錄因子的下游基因HB9啟動, 它是「專一」表現在成熟運動神經元的一種HD蛋白質 。

小鼠的胚幹細胞經特定轉錄因子的刺激而分化成為運動神經元
藉助上述神經胚胎的研究發現,科學家在培養皿裡面製造類似的發育環境,嘗試將小鼠胚幹細胞培養成運動神經元。採用的步驟簡述如下:
(1)首先將胚幹細胞用aggregate culture兩天的方法先養成ES bodies ,每個ES bodies約包含1000個細胞,之後加入RA培養2~7天,加入RA培養的ES bodies中表現 Sox1(pan-neural progenitor marker) 和NeuN(post-mitotic neuron marker) 明顯多於不加入RA的ES bodies;此外,加入RA可以大幅增加表現Otx2(一種表現在中腦之後的caudal position identity marker)和Hocx6(一種spinal cord identity marker)的細胞。

(2)利用RA建立caudal identity之後,加入Shh進行ventral identity的誘導,如圖四所示,將上述ES bodies加入不同濃度的Shh合成蛋白質,配合活體小鼠脊髓神經胚胎發育的免疫染色,高濃度(1uM)的Shh誘使ES bodies大量表現出運動神經元先驅細胞所需要的轉錄調控因子Pax6、Nkx6.1和Olig2。其中20~30%的ES bodies並出現表現HB9的細胞,這些表現HB9的細胞經免疫染色證實亦表現NeuN且不會incorporate BrdU,表示這些細胞已經是post-mitotic neuron。
(3)找到適合誘導ES bodies發育成運動神經元的適當條件之後,研究者必須想辦法建立一個可以用來觀察並純化這些表現HB9的平台,因為ES bodies本身的細胞種類異質性很高,想要用流體細胞分離技術分出這些運動神經元必須藉助小鼠基因轉植工程的技術,研究者建立一隻由HB9基因啟動子(promoter)來表現EGFP的基因轉植小鼠,螢光顯色證明EGFP只表現在這小鼠脊髓的運動神經元。之後再建立這隻基因轉植小鼠的胚幹細胞株。驗證上述加入RA和Shh確實可以將ES bodies誘導表現大量表現EGFP的運動神經元,因為螢光方便觀察的關係,我們可以再圖六看到這些表現EGFP的細胞會延伸出軸突(axon)並表現製造乙烯膽鹼的重要酵素ChAT,神經衝動要興奮肌肉收縮必須分泌乙烯膽鹼,這發現顯示這些運動神經元應該具有收縮肌肉的功能。

(4)為了驗證這些由胚幹細胞分化來的運動神經元,研究者藉助流式細胞分離技術(FACS)來修正誘導ES bodies分化出運動神經元的最佳劑量,實驗發現給予2uM的RA加上1uM的Shh可以產生最多表現EGFP的運動神經元,單獨只給相同劑量的RA或Shh幾乎不能誘導出任何表現EGFP的運動神經元。

(5)純化出這些表現EGFP的運動神經元後,試圖在雞胚(stage15~17)的脊髓進行活體運動神經元的移植手術,如圖所示,到了雞胚發育到stage 27時,觀察到所移植的小鼠運動神經元在雞胚的脊髓中建立連結,這些連結和正常的運動神經元完全相同,利用免疫染色觀察這些運動神經元的末梢,在雞胚發育到stage35時,這些表現EGFP螢光的運動神經元末梢和肋骨肌肉形成連結,表現分泌乙烯膽鹼所需的marker,如synaptobrevin(syb)和vesicular Ach transporter(VAChT),顯示這些運動神經元儘管式不同物種的胚幹細胞所誘導出來,仍然具有在活體身上引發肌肉收縮的功能。

結論
胚幹細胞的研究相當有淺力,從這篇文章的介紹,我們不難理解之後的生物醫學一定會和胚幹細胞有密切關係,然值得注意的是這些成功報告目前都還在只是實驗動物的階段,期待未來有更多活體人類的成功案例,造福更多需要幫助的病患。

Human IHC 資料庫


如果你是個以病人檢體為主的研究者,這個網站
http://www.proteinatlas.org/
應該會很有幫助。

可以直接輸入關鍵字,如IL-6,或者從下方的染色體簡圖直接點選第幾條染色體,便會列出在這一條染色體上的所有基因的相關抗體,同時也會幫你搜尋NCBI上的papers。

假設我鍵入IL-6,再進一步的點選抗體資訊便會得到IL-6在人體各組織的IL-6表現量。如下圖:所以可以得知IL-6在lymph nodes及Tonsil扁桃腺表現量中等,在testis及bone marrow則也有一點表現。

此外,還可以進一步瀏覽再各組織的IHC圖片:所以,如果常常作病人檢體的IHC的話,這個網站算是資料相當齊全的資料庫。至於有沒有老鼠的?目前為止,還沒看到。

PS經過詢問該公司服務人員所得到的答案:Prestige Antibody都是anti-human的。只是他們另外附上一個連結:有些抗體可以辨認老鼠樣本中同樣的抗原!
http://myurl.com.tw/1thk