2008年6月9日星期一

脊髓運動傷患的曙光-胚胎幹細胞


在2002年八月一篇發表在Cell的文章,題目是「Direct differentiation of embryonic stem cells into motor neurons」。作者Thomas M. Jessell是任教於紐約哥倫比亞大學的學者,他在神經科學領域相當有名,他著作的教科書「Principle of Neuroscience」幾乎是所有念神經科學的人所必須拜讀的聖經。 任何有醫療常識的人都知道神經系統在受傷之後是無法再生的,所以車禍、中風、甚至是遺傳性或者退化性的神經病變都將導致病人終身肢體傷殘,這篇文章為這些病患提供一線曙光,從胚胎幹細胞去培養出負責傳遞運動神經訊息的運動神經元,再將之植回受傷的動物脊髓相對應位置,證明這些由胚幹細胞所分化出來的運動神經元具有修復肌肉運動功能的能力。

前言
在胚胎發生的過程中,不同形態、彼此分工的體細胞(somatic cell)都遵循一定的分化途徑,而控制這些體細胞分化的路徑和決定因素等相關分子生物學研究便成為近年科學界的熱門話題,以中樞神經系統為例,完整的脊椎動物其神經系統包含幾百種不同形態與功能的神經細胞種類,其中包括引發神經傳導電位的神經元(neuron),支持這些神經細胞功能的膠細胞(glia cell)….等等,其中神經元又可以分成多種形式:負責傳遞感覺訊息的感覺神經元(sensory neuron);負責中樞訊息整合的中介神經元(interneuron);和負責傳替運動訊息到肌肉或線體的運動神經元(motor neuron)。在脊椎外傷或退化性神經病變的診療過程中,運動神經元的耗損往往造成病患終身行動不便的遺憾,這些傷患所消耗的醫療資源和社會成本相當可觀,也促使神經科學界對於運動神經再生的議題產生迫切的興趣與需求。過去關於神經再生的幹細胞研究範疇大致分為三大類:
(1)成體中樞神經系統(adult brain)中某些位置,如位於臨邊系統的海馬回(hippocampus)其齧齒回(dentate gyrus)可以製造出數量有限,但具有分化能力的神經先驅細胞(neuronal progenitor cell),這類細胞具有修補海馬回因老化或受損所喪失的神經細胞功能;
(2)由其他非神經系統或組織所衍生的先驅細胞(nonneuronal progenitor cell),在特定的條件下可以培養成神經細胞來進行修補神經系統的缺損,舉例來說,由小鼠的骨髓(bone marrow)得到的先驅細胞可以培養成神經元來進行神經修補;

(3)由胚幹細胞(embryonic stem cell)直接培養成神經細胞來進行神經修補,這類的研究由於胚幹細胞具有取之不盡用之不竭的生長特性,其結果特別受到科學界的重視。 研究發現,小鼠的胚幹細胞可以在特定的培養條件下被分化成表現中腦多巴胺分泌神經細胞(dopaminergic neuron)特徵的神經元 ,這些類多巴胺神經元已經被證實經神經移植可以若干程度改善小鼠在罹患巴金森式症動物模式後所出現的運動缺失。

本篇報告的內容就是在介紹如何將小鼠的胚幹細胞培養成為脊髓中的運動神經元,這些經分化後的類運動神經元不但可以表現正常運動神經元所需要的功能蛋白質(marker),經轉植手術後還可以和受傷的肌肉形成連結,分泌乙烯膽鹼(acetylcholine)來改善肢體活動的運動缺失。

神經發育學的重大發現
要將胚幹細胞分化成為脊髓中的運動神經元,科學家必須先了解在脊椎動物中樞神經發育的過程中,運動神經元受到哪些轉錄因子(transcription factor)的調控?如圖所示,胚胎中的外胚層細胞在形成神經脊(neuronal crest)後,從頭部到尾部其不同體節的位置會表現不同的轉錄因子,其中前腦(telencephalon)表現FGF8;中腦(diencephalon)向後延伸到脊髓位置其背部表現Wnt1而腹部表現 Sonic hedgehog(Shh) ;腦幹這一段因為腹部FGF4和背部BMP4的表現而和前後區塊分隔,之後,前段發育為大腦而後段因表現Retinoic Acid(RA)而發育成為脊髓 。
就脊髓的背側和腹側來看,神經發育也是有類似的分節情形,脊髓腹側的最底部之後會出現運動神經元,往上一點則是出現V2神經元,以小鼠和雞的神經胚胎發現來說明,脊髓的背側到腹側每個區塊都表現特定的轉錄因子,背側(roof plate)因為 BMP4而腹側(floor plate)因為Shh的濃度較高而產生一個對應梯度,這兩個轉錄因子不同濃度的刺激是導致脊髓背、腹側呈現不同區塊的重要因素;以之後要出現運動神經元的區塊來說,高濃度的Shh刺激homeodomain(HD)和basic helix-loop-helix(b-HLH)兩類轉錄因子的表現,其中運動神經元先趨細胞會專一性的表現Pax6與Nkx6.1兩種HD蛋白質以及Olig2這種 b-HLH蛋白質;這三種轉錄因子決定了該區域神經細胞之後發育成為運動神經元的命運。首先,先驅細胞會脫離細胞週期(cell cycle)而分化成為成熟的運動神經元 ;其次,這三種轉錄因子的下游基因HB9啟動, 它是「專一」表現在成熟運動神經元的一種HD蛋白質 。 

小鼠的胚幹細胞經特定轉錄因子的刺激而分化成為運動神經元
藉助上述神經胚胎的研究發現,科學家在培養皿裡面製造類似的發育環境,嘗試將小鼠胚幹細胞培養成運動神經元。採用的步驟簡述如下:
(1)首先將胚幹細胞用aggregate culture兩天的方法先養成ES bodies ,每個ES bodies約包含1000個細胞,之後加入RA培養2~7天,加入RA培養的ES bodies中表現 Sox1(pan-neural progenitor marker) 和NeuN(post-mitotic neuron marker) 明顯多於不加入RA的ES bodies;此外,加入RA可以大幅增加表現Otx2(一種表現在中腦之後的caudal position identity marker)和Hocx6(一種spinal cord identity marker)的細胞。

(2)利用RA建立caudal identity之後,加入Shh進行ventral identity的誘導,如圖四所示,將上述ES bodies加入不同濃度的Shh合成蛋白質,配合活體小鼠脊髓神經胚胎發育的免疫染色,高濃度(1uM)的Shh誘使ES bodies大量表現出運動神經元先驅細胞所需要的轉錄調控因子Pax6、Nkx6.1和Olig2。其中20~30%的ES bodies並出現表現HB9的細胞,這些表現HB9的細胞經免疫染色證實亦表現NeuN且不會incorporate BrdU,表示這些細胞已經是post-mitotic neuron。
(3)找到適合誘導ES bodies發育成運動神經元的適當條件之後,研究者必須想辦法建立一個可以用來觀察並純化這些表現HB9的平台,因為ES bodies本身的細胞種類異質性很高,想要用流體細胞分離技術分出這些運動神經元必須藉助小鼠基因轉植工程的技術,研究者建立一隻由HB9基因啟動子(promoter)來表現EGFP的基因轉植小鼠,螢光顯色證明EGFP只表現在這小鼠脊髓的運動神經元。之後再建立這隻基因轉植小鼠的胚幹細胞株。驗證上述加入RA和Shh確實可以將ES bodies誘導表現大量表現EGFP的運動神經元,因為螢光方便觀察的關係,我們可以再圖六看到這些表現EGFP的細胞會延伸出軸突(axon)並表現製造乙烯膽鹼的重要酵素ChAT,神經衝動要興奮肌肉收縮必須分泌乙烯膽鹼,這發現顯示這些運動神經元應該具有收縮肌肉的功能。

(4)為了驗證這些由胚幹細胞分化來的運動神經元,研究者藉助流式細胞分離技術(FACS)來修正誘導ES bodies分化出運動神經元的最佳劑量,實驗發現給予2uM的RA加上1uM的Shh可以產生最多表現EGFP的運動神經元,單獨只給相同劑量的RA或Shh幾乎不能誘導出任何表現EGFP的運動神經元。

(5)純化出這些表現EGFP的運動神經元後,試圖在雞胚(stage15~17)的脊髓進行活體運動神經元的移植手術,如圖所示,到了雞胚發育到stage 27時,觀察到所移植的小鼠運動神經元在雞胚的脊髓中建立連結,這些連結和正常的運動神經元完全相同,利用免疫染色觀察這些運動神經元的末梢,在雞胚發育到stage35時,這些表現EGFP螢光的運動神經元末梢和肋骨肌肉形成連結,表現分泌乙烯膽鹼所需的marker,如synaptobrevin(syb)和vesicular Ach transporter(VAChT),顯示這些運動神經元儘管式不同物種的胚幹細胞所誘導出來,仍然具有在活體身上引發肌肉收縮的功能。

結論
胚幹細胞的研究相當有淺力,從這篇文章的介紹,我們不難理解之後的生物醫學一定會和胚幹細胞有密切關係,然值得注意的是這些成功報告目前都還在只是實驗動物的階段,期待未來有更多活體人類的成功案例,造福更多需要幫助的病患。

2008年5月29日星期四

Human IHC 資料庫


如果你是個以病人檢體為主的研究者,這個網站
http://www.proteinatlas.org/
應該會很有幫助。

可以直接輸入關鍵字,如IL-6,或者從下方的染色體簡圖直接點選第幾條染色體,便會列出在這一條染色體上的所有基因的相關抗體,同時也會幫你搜尋NCBI上的papers。

假設我鍵入IL-6,再進一步的點選抗體資訊便會得到IL-6在人體各組織的IL-6表現量。如下圖:所以可以得知IL-6在lymph nodes及Tonsil扁桃腺表現量中等,在testis及bone marrow則也有一點表現。

此外,還可以進一步瀏覽再各組織的IHC圖片:所以,如果常常作病人檢體的IHC的話,這個網站算是資料相當齊全的資料庫。至於有沒有老鼠的?目前為止,還沒看到。

PS經過詢問該公司服務人員所得到的答案:Prestige Antibody都是anti-human的。只是他們另外附上一個連結:有些抗體可以辨認老鼠樣本中同樣的抗原!
http://myurl.com.tw/1thk

2008年2月26日星期二

預防氣喘新方法?

今年二月份的Nature Medicine刊出了一篇法國研究人員的文章,大意是說母親可能可以透過哺乳的過程將一些可能導致氣喘的抗原轉送至新生兒體內,使得新生兒未來較不容易產生該類抗原所誘發的氣喘疾病。

該團隊先給予母鼠一個抗原刺激,產生抗性後所產下的仔鼠再受到相同抗原的刺激時,仔鼠體內肺部細胞所產生的細胞激素,如IL-4、IL-5、IL-10跟IL-13以及IgE、IgA和IgG1等抗體與肺泡沖洗液 (BAL)內的嗜酸性白血球都較其他正常仔鼠來得低。這現象證明了母親確實透過母乳可以傳遞一些引發氣喘的物質給新生兒,並降低新生兒氣喘的機率。

進一步去探討其中的機制。首先,抗體跟抗原確實是母親可以透過哺乳過程傳給寶寶,這是大家所認同的事實,但今天這研究會不會其實是母親給了寶寶抗體而不是抗原?所以作者把無法產生抗體的老鼠做了同樣的實驗,細胞激素與抗體的濃度高低與之前實驗的差異一致,說明抗體傳遞與否沒有太大關連

其次,作者提到母乳中含有IL-10與TGF-beta這兩種細胞激素且都具有免疫抑制效果,而抑制過度的免疫反應正是我們之所以能容忍一些外來抗原的前提之一 (正如我們每天吸入許多灰塵,卻不至於引發嚴重的全身免疫反應),因此這種母傳子的效果會不會是因為這兩種細胞激素的關係?同樣地,使用IL-10跟TGF-beta的基因剔除老鼠來做同樣的實驗發現沒有IL-10的母鼠其後代對於抗原的反應與正常老鼠無異,相反的,沒有TGF-beta的母鼠後代則可以得到與先前相似的差異,表示TGF-beta有參與這部分的機制,而IL-10則否。
p.s. TGF-beta剔除的老鼠無法成長成熟,所以作者是改用抗體去中和TGF-beta。
p.s.2 先前也有文章提到口服途徑給予抗原以引起耐受性若合併TGF-beta則較有效果。

這篇文章再度強化了哺乳的重要性並且提供了塵蟎類所引發的氣喘一個預防的新方向。不過最耐人尋味的莫過於其中的一次實驗,是利用OVA的抗體去辨認母鼠的乳汁中有無OVA的存在......等一下,母鼠的乳汁怎麼得到的?

材料與方法中非常含糊其詞的提到,鼠乳得到的方法可利用催產素打入母鼠體內從吃飽的小小鼠胃中得來。或許這部分的資訊正是關鍵所在吧!講得太明白就不值錢了。
(不禁想到許多建立小兒病毒的動物模式,總是會被質疑小小鼠究竟是太虛弱而餓死還是因為病毒而死?)

參考文章:
Verhasselt et al. Breast milk-mediated transfer of an antigen induces tolerance and protection from allergic asthma. Nat Med. 2008 Feb;14(2):170-5.

圖片來源:上圖為Answers.com網站內圖片,下圖為本文同期的News and Views文章內圖片。

2008年1月18日星期五

都是鈣離子惹的禍-阿茲罕默症的新發現


阿茲罕默症(Alzheimer’s Disease)是一種神經退化的疾病,根據估計全球約2%的人口正遭受到這疾病的折磨,其中少數的AD病人屬於早發性(early-onset)的家族遺傳。從過去的研究我們已經知道這家族遺傳AD的病因是由於基因Presenilins的突變所導致,先前研究也證實Presenilines是γ-secreatse complex中重要的catalytic subunit,該基因的突變確實會加速Amyloid precursor protein (APP)切出amyloid β-peptide (Aβ)的蛋白質反應,導致大量 Aβ出現在病人壞死的神經細胞中。然而, Aβ的在神經細胞的多寡或堆積,究竟是發病原因?還是神經細胞救亡圖存的保護機制?目前卻沒有定論。根據Tu等人(Cell 126,981-993, September 8, 2006)的研究指出,Presenilins在結合成γ-secreatse complex之前表現在細胞的內質網(endoplasmic reticulum),而且具有 Ca2+ passive leak channel的功能,突變的Presenilins喪失調控ER 內正常Ca2+濃度的功能,這發現為阿茲罕默症的研究開啟另一個觀念,就是細胞內ER Ca2+的異常可能是導致神經細胞退化甚至於死亡的原因。
從Presenilins的蛋白質結構來看,它有有九個transmembrane domain,和典型的Ion channel 或transporter極為相似,加上它表現在ER,這些特性促使Tu等人(2006)去分離ER的膜蛋白來記錄Presenilins對 Ca2+ 的通透性。實驗發現:(1)wildtype的Presenilins 1或2表現在reconstituted planar lipid bilayer上都可以對 Ca2+通透,造成電流,而mutant Presenilins (PS1-M146V、PS2-N141l)則不會對 Ca2+通透;(2)利用 Fura-2 Ca2+ imagining 記錄,表現mutant Presenilins 的細胞對 Bradykinin或 Ionomycin所產生的ER Ca2+ efflux 明顯升高;(3) 取用PS1/2 double knockout的MEFs也得到類似的結果,而這phenotype可以被wildtype PS1或PS2 Rescue;(4)給予Thapsigargin(一種ER膜上SERCA Ca2+ pump blocker)可以看出wildtype ,而非mutant Presenilins 確實是可以mediate ER內的 Ca2+ passive leakage。由這樣的結果推論,家族性阿茲罕默症的病人,其腦中神經細胞的ER Ca2+ baseline濃度就和正常人不同:「過濃的 Ca2+ 累積在ER內,在受到刺激時產生 Ca2+ 過量的由ER釋放。」這會不會是導致AD病人神經細胞退化的原因,目前雖然沒有直接證據可以證明,但我們可以推論ER內 Ca2+ 過多的釋放和cell death有直接關係,阻斷 ER內 Ca2+釋放可以有效阻止神經細胞的Necrotic cell death。
這樣看來,Presenilins在細胞內的功能至少有二:(1)負責調控ER膜內外的 Ca2+ 濃度;(2)catalyze APP產生Aβ。 如何證明這兩者誰是導致阿茲罕默症的主因?從先前 Aβ的研究我們已經知道,離體細胞增強或減弱胞內 Amyloid aggregation 並不一定會導致該細胞的死亡,反而有些有anti-apoptosis的報告,這些離體系胞的研究之所以備受爭議,多少是因為AD是一種系統性的神經退化疾病,真正具說服力的實驗還是得回到活體動物。其次,γ-secreatse complex中Presenilins只是其中的catalytic subunit,它的組成還包括Nicastrin、Aph-1和Pen-2。一個簡單證明「喪失調控ER膜內外 Ca2+ 濃度」是不是AD主因的方法是看 Nicastrin、Aph-1或Pen-2的knockout,是不是有類似阿茲罕默症的症狀,因為這些老鼠沒有機會產生Aβ,我們可以去測測其ER中 Ca2+ 濃度是不是正常?如果都正常而且老鼠也沒有AD症狀,表示產生 Aβ不應該是致病的主因;其次由基因轉殖鼠的AD模式,我們知道Tg human mutant PS1或PS2可以產生類似AD的症狀,這些老鼠發病的時程和機制都已經被詳細描述,如果測量發病前後神經細胞的ER膜內外 Ca2+ 濃度,我們應該可以預期得到和Tu等人(2006)相同的結果,即ER內 Ca2+ 濃度偏高而給藥物刺激後ER放出的 Ca2+ 濃度上升。同時我們可以追蹤這時候細胞的(1)caspase activity;(2)oxidative stress;(3)Aβ濃度等參數來作相關分析。
除了分離出Tg的腦細胞進行ER中 Ca2+ 濃度的實驗,我們還可以試著去rescue Tg神經細胞的oxidative stress,舉例來說,如果帶mutant Presenilins的ER其膜內Ca2+濃度過高,我們可是用基因療法,在腦室內打入帶「ER膜上Ca2+ pump gene」的AAV,看能不能減緩這Tg其AD的病程,甚至使用Ca2+的chelator帶著ER的tag打入腦中,看看能不能將ER內的 Ca2+ 濃度降低下來,說不定可以研發出另一種治療AD的方法。

2008年1月13日星期日

你聰明嗎?神經膠細胞可以調節記憶好壞!


Glia,神經膠細胞,神經膠細胞主要有三種:(1)astrocyte;(2)microglia;和(3)oligodendrocyte。
這些過去被認為在中樞神經系統中扮演house keeping的神經膠細胞,在近幾年的研究中,尤其是astrocyte,發現它具有另一樣新的功能....就是它可以調節海馬回中的長效增益效果 (long-term potentiation)。最新研究顯示:神經膠細胞和學習記憶有密切的關係。
其中,三個主要的gliotransmitters,包括D-serine、ATP和TNF-alpha,都有支持的證據可以調控大腦中的NMDA受體的傳訊效率。
D-serine已經被證實是NMDAR的co-agonist,有D-serine的存在可以讓 postsynaptic NMDAR的通透電流增強,甚至可以決定LTP 的成敗,這些 D-serine是由包附在synapse 的astrocyte釋放。
至於 ATP與TNF-alpha,這兩者在中樞神經系統主要也是由神經膠細胞產生,ATP作用在P2X receptor而 TNF-alpha則是作用在TNF-1 receptor,和 D-serine不同的是,這兩種神經傳導素作用在其相關受體對NMDAR的增益效果呈現較長效且廣泛的調控,雖然沒有specificity,但確實負責維持中樞glutamatergic transmission 的tone。
對很多記憶有關的神經系統疾病,如中風、癲癇、巴金森氏症或阿茲罕默症所呈現的記憶缺失來說,這三個 gliotransmitters所扮演的角色值得科學界近一步的探究,說不定可以提供新的治療方向,撿患病人在罹病後的記憶缺損。

2007年10月22日星期一

細胞激素兩面刃

不可否認的,果蠅在整個生命科學研究史上有著舉足輕重的地位,無論是遺傳學或是將要提到的免疫學都是如此。
果蠅的胚胎發育過程中需要一種蛋白質來協助腹背分化並形成對稱的成體--Toll protein,鐸蛋白,少了這種蛋白質,會生育出畸形且不對稱的果蠅,因此被德國科學家發現後即命名為Toll (德文中愚蠢、古怪之意)。1996年時法國的Hoffmann在Cell期刊上發表鐸蛋白除了會影響胚胎發育外,同時也調控著drosomycin (一種可抑制黴菌增生的物質)的產生,這項發現意味著鐸蛋白具有雙重功能:果蠅的胚胎發育與免疫。「既然果蠅有,那人類會不會也有?」基於這種想法,耶魯大學的Janeway與Medzhitov果然在1997年發現了屬於人類的鐸蛋白,並稱之為類鐸受體,Toll-like receptor,簡稱TLR。
TLR的功用是協助先天性免疫系統去辨認外來的病原菌,例如TLR3是辨認RNA病毒,TLR4則是辨認革蘭氏陰性菌中的脂多醣LPS等等,所以現今的免疫學認為,當病原菌入侵人體後,首先由非專一性的樹突細胞或巨噬細胞其上類鐸受體來辨認並迅速引起這些免疫細胞的活化,是放出細胞激素,或活化其他細胞 (IL-6,12),或造成發炎反應(TNF-a),此為第一階段的防禦,數天之後,T淋巴球會開始辨認病原菌的蛋白片段以及B淋巴球開始增生並生產專一性的抗體,也藉此記憶該病原菌特徵,以便再次遭遇時能更快殲滅病原菌,而這兩階段具有時間差的防禦系統,也容易讓人認為比較像是兩個獨立的系統。
今年十月份的Nature Medicine中有篇文章則導正了這樣的想法,作者是芝加哥大學的傅陽新及其團隊,他們發現第二階段中的T淋巴球具有阻止第一階段的免疫系統產生過於強烈細胞激素反而傷害自己的功能。過多的細胞激素是會致命的事實是目前大家普遍都知曉的,像感染SARS的人,體內的免疫細胞受到病毒的刺激而過度反應並大量產生了細胞激素,形成所謂的「細胞激素風暴」,時常是致死的原因。作者把經過基因剔除而 (2007諾貝爾獎的貢獻)將不具有T,B淋巴球的小鼠打入低劑量的鼠肝病毒,正常的老鼠不會死,但沒有T,B淋巴球的老鼠卻死了,可能原因有二,一是缺乏二階段防禦系統導致無法清除病毒而死,另一則可能是第一階段防禦系統所產生的細胞激素太多所造成。作者檢視老鼠死因,發現繁殖的病毒量跟病毒造成的組織傷害都很少,初步排除第一種可能性,進一步他們給予人工合成的雙股RNA,這東西可以模擬RNA病毒入侵,並與TLR3結合而引發一連串的免疫反應,尤其是細胞激素,但又不會造成與病毒相類似的病症,無意外地,不正常的老鼠也死了,所以加強了第二種致死原因的可能性。最後,他們額外注入正常的T淋巴球給這種不正常的小鼠,結果,細胞激素因而下降,死亡率也隨之下降。
作者的實驗其實給了免疫學一個新的觀點:原來兩階段的防禦系統並非是各自為政的,相反的,他們其實是息息相關的,有如2005年Medzhitov發現B細胞的活化其實也需要類鐸受體的幫忙,或如今天所提到的過量的細胞激素其實是需要T淋巴球來協助壓抑。
這樣的發現便可以改寫免疫學課本的一些小觀念,我想這也是為何Nature Medicine會刊出這篇文章的原因吧!思考免疫學問題之餘,我也注意到中國的科學發展確實不斷的在進步並勉勵自己也加把勁。
參考文章:
1. 科學人雜誌 2005年2月號
2. Kim et al. (2007) Adaptive immune cells temper initial innate responses. Nature Medicine 13, 1248- 1252

2007年10月21日星期日

琥珀: 時光顯微鏡

琥珀來自天然的樹脂. 如果有生物經過時被它黏住蓋住包埋起來, 等到樹脂完全乾了, 這隻可憐的小生物就被大自然的力量收藏起來當標本了. 科學家們當然早就知道古老的樹脂變成琥珀, 在琥珀裡面就可能找到這些大自然珍貴的典藏品.

不過這個過程大概得在陸地上發生, 不然樹脂乾不了就做不成標本了, 所以水生生物大概没機會進入這個自然的博物館. 不過最近兩位研究人員在佛羅里達州發現的一個沼澤可能帶給研究古生物的專家學者們一個新的希望. 在這個沼澤裡, 樹脂從長在水中央的樹向外延伸數公分, 裡面黏著不少生物. 如果看看這個沼澤的底部, 你還會看到樹脂覆蓋了好大一片面積. 他們分析了被這些樹脂保存下來的生物, 發現水裡有的大概樹脂裡都有, 這裡面包括了好多以往認為不會出現在琥珀裡的含水量高的水生生物, 除了有硬殼的昆蟲外, 還有線蟲, 綠藻, 原生動物等等都完整地被保存了下來. 如果湖水的小水滴被樹脂包住, 微生物可以在這個小環境裡生長一段時間, 甚至長到樹脂裡面. 在他們的觀察裡也發現長進樹脂裡的真菌菌絲. 所以, 水生微生物是可以被留下來的.

從這些證據來看, 現今琥珀標本裡是不是可能讓我們有機會看到古代的微生物呢? 由於微生物極難留下化石, 所以學界對古代微生物的認識大部份只能依靠 DNA 的分析, 但是對這些生物到底長什麼樣可就没個譜了. 作者比較了來自德國一億年前的琥珀標本, 在裡面真的發現了和佛羅里達樹脂看起來很像的變形蟲(原生動物)及絲狀藻標本. 這個研究幫學界起了個頭, 或許過了一段時間後, 學術界會藉著琥珀的幫忙, 對古早年代的微生物有更多的認識.

研究原文:
Alexander R. Schmidt and David L. Dilcher
Aquatic organisms as amber inclusions and examples from a modern swamp forest
PNAS 2007 104: 16581-16585